Joe Flanigan a incarné le lieutenant Jack Sheppard, le colonel et le détective durant 5 saisons de la série Stargate Atlantis. Mais depuis, il a d'autres projets. En 2009, il a joué dans la série Warehouse 13 dans l'épisode 6 de la saison 1 Elements où il incarnait Jeff Weaver. En 2011, il a joué dans les films Ferocius Planet où il incarnait le colonel Sam Synn, Good Day for It où il incarnait le député Doug Brady, dans les téléfilms Une famille en héritage où il incarnait Jason Danville, The Others side Irish title où il incarnait The Utters Sides et dans la série Fringe dans l'épisode 1 de la saison 4 Neither Here Nor There où il incarnait Robert Danzig. En 2012, il a joué dans le film 6 Bullets où il incarnait Andrew Fayden, dans le téléfilm The Secret Lives of Wives où il incarnait Jared et dans la série Metal Hurlant Chronicles dans l'épisode 5 de la saison 1 Master of Destiny où il incarnait Hondo. En 2013, il a joué dans la série Major Crimes dans l'épisode All In où il incarnait Rick Marlow et a prêté sa voix au personnage d'Eliott Salem dans le jeu vidéo Army of Two : The Devil's Cartel. Prochainement, nous pourrons le voir dans le film The Bandit Hound où il incarnera Trevor. 

 

Côté vie privée, il a été marié à l'ancienne actrice Katherine Kousi aujourd'hui peintre de 1996 à 2013. Aujourd'hui, il est célibataire. Ensemble, ils ont trois enfants : Aidan, Truman et Fergus nés en 2000,2002 et le 26 septembre 2006.